Test de Fisher exact
dans Statistiques
Bonjour à tous,
je souhaiterais comparer deux variables qualitatives (complications après opération chirurgicale (O (oui) et N (non)) VS présence ou absence d'un médecin généraliste dans le service (0 pour absence du MG et 1 pour présence du MG).
Les effectifs de mon tableau de contingence sont tous supérieurs à 5. Je devrais donc utiliser un test de Khi2.
Le test de Fisher (fisher.test(table.Complication.Presence.U735,alternative = "less")) renvoie cette sortie :
Est-ce que cette sortie permet de répondre à ma question ?
Merci pour votre participation.
Cordialement
je souhaiterais comparer deux variables qualitatives (complications après opération chirurgicale (O (oui) et N (non)) VS présence ou absence d'un médecin généraliste dans le service (0 pour absence du MG et 1 pour présence du MG).
Les effectifs de mon tableau de contingence sont tous supérieurs à 5. Je devrais donc utiliser un test de Khi2.
N O 0 24 28 1 42 21Cependant je voudrais effectuer un test unilatéral me permettant de voir si la présence d'un médecin généraliste fait diminuer le nombre de complications. Les analyses sont réalisées avec le logiciels R. La fonction fisher.test() possède une option qui permet de définir un test unilatéral, contrairement à la fonction chisq.test() (test du Khi2) qui ne possède pas cette option.
Le test de Fisher (fisher.test(table.Complication.Presence.U735,alternative = "less")) renvoie cette sortie :
Fisher's Exact Test for Count Data
data: table.Complication.Presence.U735
p-value = 0.02134
alternative hypothesis: true odds ratio is less than 1
95 percent confidence interval:
0.0000000 0.8664292
sample estimates:
odds ratio
0.431849
data: table.Complication.Presence.U735
p-value = 0.02134
alternative hypothesis: true odds ratio is less than 1
95 percent confidence interval:
0.0000000 0.8664292
sample estimates:
odds ratio
0.431849
Est-ce que cette sortie permet de répondre à ma question ?
Merci pour votre participation.
Cordialement
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Réponses
Je ne connais pas bien la théorie mathématique de cette fonction sur R; mais si on considère le p-value est inférieur à 5%, on peut dire que ça répond à ta question [la présence d'un MG ne fait pas diminuer le nombre des complications].
Proposition pour vérifier théoriquement:
J'ai fait ton exercice d'une manière théorique (à la main) et j'ai trouvé que la présence d'un médecin généraliste ne fait pas diminuer le nombre des complications.
En effet, on compare les probabilités conditionnel : p1= P(oui/0) et p2=P(oui/1)
H0: p1=p2 (la présence d'un MG n'a pas d'effet) vs H1: p1>p2 (la présence d'un MG diminue les complications).
La statistique utilisée est la statistique de Wald : Zw=(p1-p2)/sqrt(p(1-p)*((1/n1.)+(1/n2.))) suit normal(0,1)
avec n1.=24+28=52, n2.=42+21=63, p1=28/52, p2=21/63, p=(n1.*p1+n2.*p2)/(n1.+n2.)=(28+21)/(52+63)=49/115
donc Zw=1,38 < 1,65, alors on peut dire que la présence d'un MG ne diminue pas les complications.
Ce que vérifie le résultat que tu as trouvé sous R.
Attention : Sous un langage, sache à connaître comment la fonction marche en terme d'hypothèse qu'elle cherche à tester
[Abraham Wald (1902-1950) prend toujours une majuscule. AD]