Quel(s) test(s) appliquer ?

Bonjour,
dans le cadre de mon rapport de fin d'études, je dois analyser les performances d'un outil de prévision de rendement en arboriculture.
Le contexte est le suivant :

La parcelle étudiée est divisée en 93 systèmes (cad des mini-rangs de 12 à 15 arbres).
Ces systèmes sont conçus de façons à représenter chacun des conditions d'expérimentation différentes.
Nous avons ainsi fait varier 3 facteurs :
- 4 variétés de pommes (Buckeye, Golden, Pink Lady et Mandy)
- 4 mode de conduite (Axe, Aximum, Aximum Biaxe, Mur Fruitier)
- 2 porte-greffe (CG11 et Paj2)
Chaque système est donc défini par un trio variété/conduite/porte-greffe. Chaque trio est répété sur 3 systèmes différents.

Toutes les combinaisons de ces modalités sont représentées à l'exception de :
- Mandy/Mur Fruitier/CG11 (rang entier absent)
- Mandy/Axe/CG11 (problème de livraison, les porte-greffe ont été inversés, et ont a donc 6 systèmes de Mandy/Axe/Paj2 à la place)
Par conséquent il n'y a pas exactement les mêmes effectifs pour chaque modalités...

Pour chacun de ces systèmes, notre outil a réalisé une prédiction de rendement. Puis les fruits ont été récoltés et pesés, nous donnant le rendement réel de chaque systèmes.

Mon objectif est de déterminer si, parmi les 3 facteurs, il y a des modalités qui sont plus propices à cet outil. C'est-à-dire des modalités pour lesquelles le rendement estimé par l'outil serait plus proche du rendement réel que pour les autres modalités.


Pour l'instant, j'ai tenté une ANOVA pour vérifier si parmi les trois facteurs, il y en avait un qui serait plus impactant sur l'efficacité de la prédiction de rendement (mon facteur de comparaison étant le ratio 'rendement estimé/rendement réel')
J'ai également fait des ANOVA pour déterminer si, au sein de chacun des trois facteurs, une modalité était plus efficace qu'une autre.

Pour être absolument honnête, je galère très fortement avec les raisonnements statistiques, donc je ne suis vraiment pas sûr de la pertinence de ce que j'ai fait.

Une âme charitable pourrait-elle me donner son avis sur la marche à suivre pour traiter ces données ? Je commence à y perdre mes cheveux.

Merci par avance

(Pavé César !)